Introduite par le Traité sur l'Union européenne, la procédure de codécision a été conçue comme un prolongement de la procédure de coopération. Alors que dans cette dernière le Conseil peut ne pas tenir compte de l'avis rendu par le Parlement, la procédure de codécision n'autorise pas cela. À défaut d'un accord entre les deux institutions, un comité de conciliation composé de représentants du Conseil et du Parlement doit aboutir à un texte acceptable pour les deux institutions.

La procédure de codécision met donc désormais le Parlement européen et le Conseil sur un pied d'égalité en ce qui concerne leurs rôles législatifs. Dans le cadre de cette procédure, le Conseil ne peut adopter de position commune en cas d'échec de la procédure de conciliation avec le Parlement. À défaut d'un accord, le processus législatif risque d'avorter.

La codécision est devenue de loin la procédure la plus importante dans la pratique législative et s'applique aujourd'hui aux domaines suivants:

• Non-discrimination en raison de la nationalité (article 12);
• Lutte contre la discrimination fondée sur le sexe, la race ou l'origine ethnique, la religion ou les convictions, un handicap, l'âge ou l'orientation sexuelle (article 13, paragraphe 2)
• Liberté de circulation et de séjour (article 18, paragraphe 2)
• Libre circulation des travailleurs (article 40)
• Sécurité sociale des travailleurs migrants (article 42)
• Droit d'établissement (article 44, paragraphe 1; article 46, paragraphe 2; article 47, paragraphes 1 et 2)
• Visas, asile, immigration et autres politiques liées à la libre circulation des personnes (article 67, paragraphes 4 et 5)
• Transports (article 71, paragraphe 1; article 80)
• Marché intérieur (article 95)
• Emploi (article 129)
• Coopération douanière (article 135)
• Politique sociale (article 137, paragraphe 2)
• Égalité des chances et de traitement (article 141, paragraphe 3)
• Décisions d'application relatives au Fonds social européen (article 148)
• Éducation (article 149, paragraphe 4)
• Culture (à l'exception des recommandations) (article 151, paragraphe 5);
• Santé publique (article 152, paragraphe 4);
• Protection des consommateurs (article 153, paragraphe 4);
• Réseaux transeuropéens (article 156);
• Industrie (article 157, paragraphe 3);
• Cohésion économique et sociale (article 159);
• Fonds européen de développement régional (article 162);
• Recherche et développement technologique (article 166, paragraphe 1; article 172);
• Formation professionnelle (article 150, paragraphe 4);
• Environnement (article 175, paragraphes 1 et 3);
• Coopération au développement (article 179, paragraphe 1);
• Partis politiques au niveau européen (article 191);
• Accès aux documents des institutions (article 255, paragraphe 2);
• Fraude (article 280);
• Statistiques (article 285):
• Création d'un organe de contrôle en matière de protection des données (article 286).