La procédure de prise de décision de l'UE est souvent considérée comme complexe. Plusieurs acteurs y sont impliqués, mais le rôle le plus important incombe à trois des institutions de l'UE : la Commission européenne, le Parlement européen et le Conseil européen. Leur rôle et leur influence dans la prise de décision varient en fonction de la question traitée, la procédure législative étant différente pour chacun des trois piliers de l'Union européenne.

La méthode intergouvernementale

En cas de décision portant sur les domaines relevant du deuxième et troisième piliers, à savoir le domaine de la Politique étrangère et de sécurité ainsi que celui de la Coopération policière et judiciaire en matière pénale, la méthode dite intergouvernementale est appliquée. Dans le cadre de celle-ci le droit d'initiative est partagé entre la Commission et les États membres. L'unanimité au Conseil est généralement nécessaire pour adopter une proposition. Les procédures de fonctionnement de ces deux piliers sont guidées par la nécessité de créer des consensus entre tous les États membres autour du sujet en question.

La méthode communautaire

Au sein du premier pilier, appelé aussi le Pilier communautaire, englobant les principaux domaines d'action, il existe quatre procédures décisionnelles différentes, mais qui reposent toutes sur un modèle de base analogue. Le processus de décision est lancé lors de la présentation par la Commission d'un projet d'action commune. Ce projet est ensuite soumis au Conseil des ministres et au Parlement européen pour préparation. La décision définitive est prise soit par le Conseil des ministres seul, soit conjointement par le Conseil des ministres et le Parlement européen, selon la procédure décisionnelle appliquée.

Dans tous les quatre circuits décisionnels du premier pilier, le rôle de la Commission européenne est d'élaborer une proposition législative qu'elle soumet par la suite au Parlement et au Conseil pour examen et adoption. La Commission détient le quasi-monopole de l'initiative législative, mais elle prend de plus une part active dans les étapes successives des procédures législatives.

Le Parlement européen, représentant des citoyens de l'Union européenne, participe à l'élaboration des actes législatifs communautaires à divers degrés, selon les domaines et la procédure législative utilisée. Les quatre circuits d'élaboration d'un acte législatif dans le pilier communautaire sont :

• la procédure de codécision qui implique une décision commune du Conseil et du Parlement, l'accord de celui-ci étant indispensable pour l'adoption d'un texte. C'est cette procédure qui a conféré au Parlement européen un rôle accru, et elle s'applique désormais à la plupart des domaines législatifs de l'Union.
• la procédure de consultation signifie que le Conseil doit prendre l'avis du Parlement avant de prendre une décision, l'avis du Parlement n'étant cependant pas contraignant.
• la procédure de coopération signifie que le Parlement peut imposer au Conseil l'acceptation d'amendements aux propositions de la Commission adoptés à la majorité absolue et repris par la Commission.
• la procédure d'avis conforme implique l'approbation expresse et indispensable du Parlement européen pour que le Conseil puisse prendre une décision.

La prise de décisions et le Conseil de l'Union européenne

L'une des responsabilités essentielles du Conseil est d'adopter la législation communautaire sur la base des propositions élaborées par la Commission. Dans de nombreux domaines, le Conseil légifère conjointement avec le Parlement européen. À la fin de la procédure législative, c'est le Conseil qui peut arrêter tout acte juridique.

Le domaine politique auquel appartient un projet ne détermine pas seulement la procédure décisionnelle utilisée. En effet, les règles de vote au Conseil des ministres diffèrent également selon la nature des questions faisant l'objet de décision. La décision du Conseil peut être prise aussi bien à la majorité qualifiée qu'à l'unanimité, selon le domaine en question. Toutefois, le nombre de matières où les décisions sont prises à l'unanimité ont diminué au cours des dernières décennies. Actuellement, elle ne sont qu'environ quarante, comme les matières relatives à la fiscalité, à la sécurité sociale, à l'immigration, à la propriété intellectuelle et à la politique commerciale des services.

Depuis les modifications apportées par le traité de Nice en 2003, les voix au Conseil de l'Union européenne sont attribuées de la manière suivante :

Afin d'obtenir une majorité qualifiée, 255 votes, sur la totalité des votes (345 votes), doivent s'exprimer en faveur de la décision envisagée. De plus, n'importe quel État membre peut demander la vérification que la population des États membres constituant une majorité qualifiée représente au moins 62% de la population de l'Union, sans quoi la décision n'est pas approuvée.

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